مجلس یازدهم از زمان روی کار آمدن انتقادات تند و تیزی را در مورد آخوندی مطرح کرده است؛ انتقاداتی که مخصوصا روی عملکرد او در حوزه مسکن مهر متمرکز شده است.

عباس آخوندی: نظام حکمرانی شهری در ایران از ناکارآمدی سختی رنج می‌برد. در حالی‌که بر اساس سرشماری سال 1395، 74% جمعیت ایران شهرنشین هستند، ایران هم‌چنان فاقد نظام حکمروایی شهری است.

عباس آخوندي: هنگامی که در ۲۰ آبان‌ماه ۱۳۹۷ به عنوان نامزد تصدی سمت شهردار تهران در شورا این شهر سخن گفتم بحثم این بود که برای این‌که تهران را تهران کنیم باید نظام حکمروایی شهری و انتخاب شهردار مستقل را محور قرار دهیم.

عباس آخوندی: آنچه پس از 42 سال از آن واقعه، باید از آن بیاموزیم این است که این روز آغاز یک فرایند جدید در نظام حکمروایی ملی مبتنی بر کرامت و حفظ حقوق شهروندی و نه اعلام یک وضع نهایی بود. فرایندی که در سیر خود باید ریشه‌های استقلال، آزادی و اراده‌ی ملی را هرچه بیشتر تثبیت کند.

عباس آخوندی: برادر بسیار عزیزم جناب آقای دکتر محمد رضا مسجدی، استاد ارجمند و مسلم بیماری‌های ریوی و عضو برجسته سازمان بهداشت جهانی